Hjärnan (encephalon) är uppdelad i lilla hjärnan (cerebellum) och stora hjärnan (cerebrum) och hjärnstammen som är uppdelad i mitthjärnan (mesencephalon), bryggan (pons) och förlängda märgen (medulla oblongata).

Dessa delar består av vit substans som till största delen innehåller nervtrådar som inom stora hjärnan löper från dess ytskikt (cortex), som består utav grå substans, in mot centralare delar.

Inom stora hjärnan hittar man också ventriklar. Liquor bildas i hjärnans ventriklar (500 ml/dygn) och fungerar som stötdämpare för hjärnan och transportmedel för elektrolyter och ämnesomsättnings produkter. Denna liquor omger hela hjärnan och fyller ut alla håligheter och vindlingar i hjärnans yta. Vidare finner man liquor i hela ryggmärgs kanalen.

Skallbenets insida och hjärnans yta är beklädd med tre olika hinnor/skikt. Närmast hjärnan finner man den mjuka hjärnhinnan (pia mater). Nästa utanpå liggande hinna är spindelvävshinnan (arachnoidea). Mellan dessa två hinnor finner man ett utrymme (subarachnoidalrummet) vari ytliga arteriella blodkärl löper. Ytterst som en beklädnad mot skallbenet finns hårda hjärnhinnan (dura mater) som har 2 skikt. Det innersta skiktet bekläder också ryggmärgskanalens insida. Utrymmet mellan dessa två skikt heter epiduralrummet och fylls ut av fett och venösa blodkärl.